Novel ini mengikuti kisah Nora Seed, seorang wanita berusia 35 tahun yang merasa tidak bahagia dan penuh penyesalan dengan kehidupannya saat ini. Setelah memutuskan untuk mengakhiri hidupnya, Nora mendapati dirinya terbangun di sebuah tempat antara hidup dan mati yang disebut "Perpustakaan Tengah Malam"
Ceritanya dimulai ketika sesosok alien tiba di Bumi dan mengambil alih raga Profesor Andrew Martin, seorang matematikawan terkemuka di Universitas Cambridge. Kesan pertama alien terhadap manusia sangat negatif; ia merasa jijik dengan spesies tersebut dan berniat menyelesaikan misinya